這是RFID目前最致命的缺點，僅RFID標簽一項在日本的制作成本(印刷成本占主電感要比例)就達到十幾元人民幣，而條碼標簽的單位成本只有0.l元。目前全球RFID標簽的年需求量大約是1000萬片，而只有需求量超過50億片后，價格才能降到2美分。沃爾瑪的RFID技術合作商Tag-istics公司總裁克里斯多夫介紹說，一套RFID系統在美國定價(包括項目實施)一般在250萬美元左右，大型系統還要高得多。中鐵快運這幾年一直在不斷測試RFID系統的效果，并將其小范圍試點，最終發現投入太大，作為一個企業無法單獨承擔這部分的投入。
3.標準不統一
目前主要有以貼片電感生產下三個標準：國際標準、歐美的EPC標準和日本的UbiquitousID。其中由美國麻省理工學院MIT發起的Auto-IDCenter非盈利性組織在規范RFID應用方面所發揮的
作用將越來越明顯。Auto-IDCenter在對RFID理論、技術及應用研究的基礎上，所作出的主要貢獻如下：
①提出產品電子代碼EPC(ElectronicProductCode)概念及其格式規劃。為減化電子標簽芯片功能設計，降低電子標簽成本，擴大RFID應用領域奠定了基礎。
②提出了實物互聯網的概念及構架，為EPC進入互聯網搭建了橋梁。
③建立了開放性的國際自動識別技術應用公用技術研究平臺，為推動低成本的RFID標簽和讀寫器的標準化研究開創了條件。
盡管如此，由于RFID缺乏統一技術標準，所以目前的技術還不能保證所有的標簽和閱讀器實現兼容。因此在希望應用RFID的倉庫中，也許需要不止一種閱讀器，以此來分別處理來自不同硬件商生產提供商的不同標簽。
4.安全問題
由于RFID最終是要接到互聯網上的，這就涉及到和信用卡一樣的所謂安全保密問題。
5.隱私問題
RFID可以依靠標簽進行追蹤，一個人購買了酒以后，通過追蹤酒瓶上的標簽就可以了解到酒瓶擁有人的行蹤以及生活習慣。
